고 김윤식 목사는 한국교회 에큐메니칼 운동 발전에도 기여했다. 1984년부터 1986년까지 한국교회협의회(NCCK) 회장을 역임했으며 기독교사상 편집위원장과 남북 나눔운동본부 상임회장을 역임했다.
또 그는 예장통합총회 산하 교회와 교인들의 소속감을 위해 총회 로고를 제작하기도 했다.
고 김윤식 목사의 장례는 대한예수교장로회 통합총회장으로 치러진다. 빈소는 아산병원 장례식장 01호실이며 예식은 24일 오후 4시 입관예식, 25일 오전 11시 증경총회장단 주관 위로예배, 이어 26일 오전 8시 30분 종암교회에서 발인예배로 진행된다. 후에는 곤지암 소망교회 소망동산에 안장될 예정이다.