감사원은 ‘취약 세무분야 관리실태’ 감사결과를 통해 총 11건의 위법·부당 및 제도개선 사항을 확인했다고 29일 밝혔다.
감사에서 국세청은 기업체 대주주 가족 등 특수관계인별 주식합산시스템을 구축하지 않은 것으로 확인됐다. 이에 따라 지난해까지 4년간, 특수관계인 지분 합산시 주식 양도소득 과세대상이 되는 14명의 세금을 징수하지 못했다. 미징수액은 가산세를 포함해 69억8600만여원에 달했다.
현행법상 상장법인의 특정 주주 개인의 보유주나, 주주와 직계가족·배우자·형제 등 특수관계인의 합산 보유주가 시가총액 100억원 또는 지분율 3% 이상인 경우 주식 매매소득의 10~30%를 양도소득세로 내야 한다. 코스닥 주식의 기준은 시가총액 50억원 또는 지분율 5% 이상이다.
2012년 모 주식회사 주식을 3598주와 4360주를 각각 매도한 남매 A씨와 B씨의 경우, 개인별 보유주식의 시가총액은 38억여원과 46억여원에 그쳐 과세에서 배제됐다. 하지만 A씨의 배우자가 보유한 주식을 합치면 시가총액이 115억여원에 달해, 세금을 거뒀어야 했던 것으로 나타났다.
감사원은 “국세청에서 전산관리 중인 친인척 정보자료 등을 활용해 특수관계인 합산 주식조회시스템을 구축했다면 합산 시가총액을 확인할 수 있었을 것”이라고 지적했다.
감사원은 국세청에 14명으로부터 징수되지 않은 세금을 징수 결정할 것, 특수관계인에 해당하는 납세자의 주식보유 현황을 일괄조회할 수 있는 시스템 구축 등을 요구했다.
이밖에 이번 감사에서는 법인 폐업 등에 따른 소득처분 사후관리시스템이 구축 미비로 종합소득세 141억원이, 즉시처리 대상 소득금액 변동자료를 지연 처리한 탓에 종합소득세 5767억원이 각각 미부과된 사실도 확인됐다.