문체부는 이 개정안으로 과도한 경쟁과 선정성 증가, 유사언론행위, 기사 어뷰징 등의 폐해를 잡겠다고 했으나, 민언련은 "핵심을 잘못 짚었다"며, "오히려 언론자유를 침해하고 여론을 통제하는 수단이 될 가능성이 농후하다"고 보았다.
선전성, 어뷰징, 유사언론행위 등은 언론사 규모와는 상관없으며, 그 근거로 보수일간지와 계열사가 여럿 있는 스포츠지에서 어뷰징을 담당했던 사람들의 인터뷰가 실린 기사를 예로 들었다.
또 인터넷신문 대상 언론중재 조정 신청의 비율이 높다는 문체부의 주장도 논리가 빈약하다며, "인터넷신문에 대한 조정 신청건수가 많은 것은 대부분의 조정자가 신문과 방송, 잡지 등이 제공하는 뉴스에 대해 조정을 신청하면서 인터넷 판 기사까지 함께 신청하기 때문이다"고 반박했다.
실제로 언론중재위원회의 <2014 언론조정중재‧시정권고 사례집>에 실린 조정중재 신청이 가장 높은 인터넷신문을 보면 “e머니투데이가 93건으로 가장 많았으며, 노컷뉴스 42건, 조선닷컴 31건, 동아닷컴 30건, 세계닷컴 29건”순이다. 자료에서 언급된 조정 신청건수가 높은 상위 16개 인터넷신문의 목록에서 작은 규모의 인터넷매체는 단 한곳도 없다.
특히 "기사를 바꿔먹는 ‘유사언론행위’, ‘사이비언론행위’도 힘이 없는 소규모 언론보다 주류 언론이 더 통 크게 벌이고 있다"며 "방송통신위원회로부터 징계를 받은 종편 MBN도 광고주의 이해관계에 따라 프로그램을 방송‧편성했으며, 심지어 뉴스까지 돈을 받고 만들어 줬다는 사실이 증명됐다"고 강조했다.
민언련은 " 결국 문체부는 잘못된 진단을 하고 있으며, 소규모 언론의 등록을 어렵게 한 ‘인터넷언론의 등록 강화제’는 매우 잘못된 처방이다"고 주장했다.
또 "그럼에도 문체부가 신문법 시행령 개정을 강행하려는 한다면, 우리는 문체부가 마녀사냥 방식으로 인터넷신문을 위축시키면서 기존 대형 언론사의 입지를 높여주고, 정부의 비판적인 기사들을 통제하려는 의도라고 볼 수밖에 없다", "문체부는 규모의 대소를 막론하고 쓰레기로 전락한 오늘의 인터넷 언론현실을 바로잡을 수 있는 방법을 처음부터 다시 논의해야 한다"고 덧붙였다.