시청사 15층 재난안전대책본부 상황실에 마련된 사고수습지원본부는 본부장 아래 부본부장(기획관리실장), 상황총괄반(시민안전실장), 피해주민지원반(해양수산국장, 사회복지국장), 행정지원반(기획행정관, 대변인)으로 꾸려졌다.
부산시는 사고수습지원본부 구성에 앞서 이날 오전 어업지도선(부산201호)을 사고해역에 보내 실종자 수색에 나서도록 하는 한편 피해상황 조사와 사망 및 실종자 가족들의 요구사항 등을 파악하기 위해 공무원 2명을 현지로 파견했다.
지원본부는 곧 해양수산국장을 현지에 보내 사고수습에 나서도록 할 예정이다.