박 후보자는 이날 국회 인사청문회에 출석해 야당 의원들의 계속된 추궁에 "결박을 하거나 수갑을 채우면 혼자서도 (물고문을)할 수 있다. (고문 경관 조한경, 강진규) 두 사람의 얘기도 두 사람으로 가능하다고 했다"며 이같이 말했다.
안전기획부(현 국가정보원)와 검경이 관계기관대책회의를 갖고 사건을 축소·은폐하려고 시도한 사실에 대해선 "수사 검사로서 참여하면서 관계기관대책회의라는 말을 단 한번도 들어본 적이 없다"며 "초임 검사로서 그와 같은 상황에 관여할 입장이 아니었다"고 말했다.
이에 새정치민주연합 박완주 의원은 "당시 공판 기록과 검찰 수사기록 등을 보면 적극적인 수사 의지가 없었음이 분명하다"고 지적했고, 정의당 서기호 의원도 "공범 3명이 더 있다는 것을 알면서도 수사를 하지 않았지만, 외부 신부님들이 폭로에 의해 그제서야 수사에 착수한 것"이라고 추궁했다.
그러자 박 후보자는 "1차 수사 때 경찰의 조직적인 사건 축소·은폐를 간파하고 파헤쳐 조기에 진상을 규명했으면 유족을 포함한 많은 국민이 충격을 받지 않았을 상황이 있었다"며 "결과적으로 그 점에 대해선 검사로서 그런 능력이 주어지지 못한 데 대한 스스로의 질책과 안타까운 마음"이라고 고개를 숙였다.
그러면서도 "최정점에 있는 경찰의 조직적 사건 축소, 은폐가 핵심이었기 때문에 이를 밝히는 과정이 길고 힘들었다"고 덧붙였다.
박 후보자는 박종철 사건과 관련해, 애초부터 경찰관 2명으로 물고문이 불가능하다는 판단을 하고도 적극적으로 수사를 하지 않았다는 의혹을 받았다.
검찰은 당시 경찰에서 조사한 대로 2명의 경찰관만 기소했다가 천주교 정의구현사제단의 폭로 등에 따라 2차, 3차 수사를 벌여 5명의 경찰관을 재판에 넘겼다.