야당 의원들을 중심으로 박종철 고문치사 사건 축소·은폐에 박 후보자가 관여했는지 여부에 대한 집중적인 추궁이 이뤄졌다.
질의에 나선 새정치민주연합 박완주 의원은 "사건에 대한 적극적인 수사 의지가 없던 것이 분명하다"며 "당시 기록들은 '어설픈 수사·맞추기 수사'임이 밝혀지고 있는데 상식적으로 추가 질의 할 수 있는 상황에서 박상옥 후보자는 입을 다물었다"고 질타했다.
그러면서 "공범이 있는 걸 알면서도 수사를 안한건, 검찰로서 자격 미달이고 어떠한 이유에서도 용납이 안 된다"며 "고문 척결을 외치며 폭행 당한 수많은 대학생과 시민보다 양심없고 소신없는 비겁한 행동이었다고 본다"고 덧붙였다.
반면 여당은 당시 말석 검사였던 박 후보자에게 책임을 지우는 것은 무리라며 옹호에 나섰다.
새누리당 민병주 의원은 "당시 신창언 주임검사가 수사의 핵심사안을 결정하고, 이 사건의 책임 지는 책임검사라고 할 수 있다. 최종 책임은 주임검사에 있지 않느냐"며 박 후보자의 관여 정도가 적었음을 강조했다.
청문회에 앞서 모두 발언에서 박 후보자는 "검찰 수사로 사건의 진상이 모두 규명됐으나, 1987년 1차 수사에서 경찰의 조직적 축소·은폐를 다 밝히지 못한 점은 수사 검사의 한 사람으로서 국민께 대단히 송구스러운 마음"이라고 했다.
이와 관련 새누리당 경대수 의원이 "'송구스럽다'는게 은폐를 인정하는건 아니지 않느냐"라는 질문을 했다.
박 후보자는 "경찰의 조직적인 사건 은폐에 대한 우리(검찰)의 능력이 부족하다는 점을 말한 것"이라며 "조기에 진상규명을 했으면 유족을 포함한 많은 국민들이 충격을 받지 않게 할 수 있었다. 그 점에 대해서는 검사로서 그런 능력이 주어지지 못한 점에 대한 질책과 안타까운 마음을 드린 것이다"라고 해명했다.
야당은 '박종철 고문 치사사건' 관련 3차 수사·기록이 청문회 개최를 하루 앞두고 공개돼 검토할 시간이 없었다며 기간 연장을 요구했다.