감사원은 12일 '공공부문의 불공정관행 특별점검'을 실시한 결과 이같은 내용을 적발하고 국세청에 대책 마련을 요구했다.
감사원에 따르면 NH농협은행은 지난 2011년부터 2013년까지 10만 8,321명의 주택임차차입금 원리금상환액 소득공제 대상 자료를 전산시스템이 미비됐다는 이유로 국세청에 제출하지 않았다.
관련법에 따르면 주택임차차입금의 원리금을 상환한 경우 300만원 범위 내에서 상환금액의 100분의 40에 상당하는 금액을 해당 과세기간의 근로소득금액에 공제하도록 돼있다.
하지만 NH농협은행이 관련 서류를 제출하지 않음에 따라 원리금 상환자 가운데 근로소득자로 소득공제 대상이었던 2만 9,785명이 모두 1,029억원의 금액만큼 소득공제를 받지 못했다.
또, 나머지 소득공제 대상 근로소득자 가운데 1만 829명은 연말정산간소화 서비스를 이용하지 못하고 NH농협은행으로부터 직접 '주택자금상환증명서'를 발급받아 개별신청해야 하는 불편을 겪어야 했다.
이 과정에서 국세청은 은행의 연말정산 자료 제출을 관리감독해야 할 책임이 있지만 '전산시스템 미비'라는 NH농협은행의 말만 듣고 수년동안 아무런 조치를 취하지 않았다고 감사원은 밝혔다.
이에따라 감사원은 국세청장에게 근로소득자가 연말정산간소화 서비스를 통해 소득공제 자료를 수집하지 못하는 불편함을 겪거나 소득공제를 받지 못하는 일이 없도록 소득공제 증명자료를 확보하는 방안을 마련하라고 요구했다.
감사원은 이와함께 금융위원회에서 은행이 부당하게 휴면예금 처리한 계좌를 원상복구 및 소멸시효 중단 등을 조치하도록 지도.감독 하지 않았다고 밝혔다.
그 결과 17개 시중은행이 2007년 9월부터 2013년 말까지 휴면예금으로 처리한 예금 5,744억원 가운데 1,055억여 원의 예금이 법적으로 소멸시효가 완성됐다며 향후 보완책 마련을 요구했다.