하지만, 간선제 선출 방식으로 총장 선거에 나선 학교에서 후보자 선정을 번복하는 등 초유의 사태가 빚어지는가 하면 각종 고소, 고발로 얼룩지고 있다.
교육부는 총장 직선제가 금권선거, 파벌싸움 등의 부작용이 있다며 2012년부터 총장직선제를 폐지하고 간선제로 뽑을 수 있도록 학칙을 변경할 것을 지시했다.
특히, 총장 직선제 폐지와 재정지원사업을 연계하겠다는 뜻을 밝히고 이에 응하지 않은 부산대의 경우 특별 지원금 60억 원을 전액 삭감하기도 했다.
하지만, 교육부의 밀어붙이기식 간선제 고수로 전국에 있는 국공립대에서 잡음이 끊이지 않고 있다.
경북대의 경우 지난 6월 26일 제18대 총장임용후보자추천위원회가 꼬박 넉달동안 두 번의 선정절차를 번복하는 등 극심한 내홍을 겪었다.
공주대는 1, 2순위 총장 후보자에 대해 교육부가 임용 부적합 판정을 내려 재선정하라는 공문을 보내면서 후보 측으로부터 재선정 통보 결정 취소 소송이 진행 중이며 총장 공백사태가 1년 가까이 이어지고 있다.
제주대는 총장임용 추천위원가운데 후보자의 친인척이 포함돼 있어 공정성 시비가 일었고, 한국체대는 후보가 잇달아 낙마해 1년 동안 총장자리가 공석이다.
총장직선제 폐지에 앞장섰던 김응권 전 교육과학기술부 차관은 지난해 목포해양대 총장 후보로 나섰다가 거센 학내 여론에 부딪혀 사퇴하는 등 학내 분란을 일으키기도 했다.
부산대 교수협의회는 전국 국공립대에서 교육부의 간선제로 인한 폐해가 속속들이 드러나고 있다며, 교원들이 압도적인 지지로 결정한 직선제안을 학교 측이 받아들이지 않으면 추가 소송도 불사한다는 입장이다.
부산대 교수협의회 이병운 회장은 "김기섭 총장을 상대로 직선제 폐지를 골자로 하는 '학칙개정처분 무효확인소송' 2심에서 승소했고, 대법원에서도 승소 할 것으로 보인다"며 "직선제를 폐지할 법적, 논리적 근거가 부족하고, 간선제로 총장 선출에 나선 타 대학에서의 부작용도 심각하게 드러나고 있는 만큼, 직선제로 총장을 선출해야 한다"고 말했다.