서울중앙지검은 1일 세계일보에 대한 출판물에 의한 명예훼손 사건은 명예훼손 전담 부서인 형사1부(정수봉 부장검사)에 배당하고, 청와대 내부 문건 유출 사건에 대해서는 특수2부(임관혁 부장검사)에 배당하기로 한 것으로 확인됐다.
두 사건에 대한 지휘는 서울중앙지검 유상범 3차장이 전담하며, 대검찰청 반부패부가 총괄 지휘를 맡을 예정이다.
이에 따라 검찰에서는 청와대 행정관들의 명예훼손 수사와 내부 문건 유출 수사가 투트랙으로 진행된다.
검찰이 명예훼손 사건과 문건 유출 사건을 형사부와 특수부에 나눈 것은 한 부에서 일괄 수사하기에는 현실적으로 버거운 측면이 있는데다, 특수부 수사력을 동원해 문건 유출 경위 등을 신속하게 파헤치겠다는 의도로 풀이된다.
한편, 박근혜 대통령은 이날 국무회의를 주재한 자리에서 "이번 문건을 외부로 유출한 것은 어떤 의도인지 모르지만 결코 있을 수 없는 국기문란 행위"라면서 "이런 공직기강의 문란도 반드시 잡아야 할 적폐중의 하나다"라고 말했다.
특히 "(문서의)진위를 포함해 모든 사안에 대해 철저히 수사해 명백하게 실체적 진실을 밝혀야 한다"고 강조했다.