검찰은 수사 과정에서 확보한 전체 500건의 '사찰 정황' 들 가운데 형사처벌이 가능한 3건만 입건했다. 나머지 497건은 적법한 공직감찰, 단순 동향파악(정보보고) 등으로 처벌 불가 사안으로 분류됐다. 497건 가운데 상당수는 구체 내용이 없이 제목만 달려있는 경우가 많았다는 게 검찰 설명이다.
검찰은 공직윤리지원관실에 의해 적법하게 감찰당한 사례로 어청수 전 경찰청장(현 청와대 경호처장), 김성호 전 국정원장, 김종훈 전 통상교섭본부장(현 새누리당 국회의원), 한상률 전 국세청장, 모강인 전 해양경찰청장 등을 포함해 199건을 꼽았다. 이들이 거론된 사유로는 "부하 직원들로부터 불만을 듣고 있다" "친척 지인에게 특혜를 줬다는 소문이 있다" 등인 것으로 전해졌다.
11건의 단순한 일반 동향파악 문건에 대상자로 이름을 올린 이들은 이용훈 전 대법원장, 박원순 서울시장, 김문수 경기도지사, 송영길 인천시장, 조준웅 전 삼성특검, 김진선 전 강원도지사, 백원우 전 민주통합당 국회의원, 천성관 전 검찰총장 후보자, 엄기영 전 MBC 사장, 서경석 목사 등이 있었다. 이들에 대해서는 대체로 언론에 보도된 내용이 첨부된 것으로 알려졌다.
박덕흠 전 대한전문건설협회장(현 새누리당 국회의원), 윤석만 전 포스코 사장 등은 '공직윤리지원관실로부터 구체적인 피해를 입지 않은 사례'에 포함됐다. 최근 간략하게 피해여부를 조사받은 방송인 김미화씨나 보선스님도 이 분류에 해당한다고 검찰은 설명했다.
한편 사법부의 수장인 이용훈 전 대법원장도 사찰대상에 포함된 데 대해 대법원은 이례적으로 '검찰 수사결과 발표에 대한 대법원 입장'을 발표하고 심각한 우려를 표명했다.
대법원은 "전직 대법원장이 재임중에 공직윤리지원관실의 동향 파악 대상자에 포함돼 있었다는 것이어서, 대법원은 놀라움과 충격을 금할 수 없다"며 "이는 사법부의 독립을 위협하는 행위이고, 법치국가에서 결코 있어서는 안 되는 일로서 심각한 우려를 표명한다"고 밝혔다.