여기에 사고초동대응과 구조과정에서 정부·해경의 이해못할 조치들이 거듭되면서 세월호 참사를 둘러싼 의혹들은 끊임없이 양산됐다.
검찰 역시 이런 분위기를 의식한듯, 최종수사결과 발표 자리에서 이례적으로 제기된 의혹에 대한 적극적인 해명에 나섰다.
검찰은 이른바 '충돌설', '국정원개입설', 'CCTV조작설' 등이 모두 근거가 없는 것으로 판명됐다고 설명했다.
다음은 세간에 제기된 의혹과 여기에 대한 검찰측 해명을 정리했다.
의혹①> 방송 화면에 나온 세월호 선체 오른쪽 바닥을 보면 충돌로 인해 선체가 움푹 파인 듯한 흔적이 있다. 세월호는 잠수함이나 암초 등과 충돌해 침몰한 것이다.
▶수사결과 : 사고 당시 전남201호 어업지도선이 촬영한 영상을 보면 선체 바닥에 하얀 부분이 있지만 이것은 선저부분의 도색이 변색 또는 탈색되면서 발생한 것으로 움푹 패이거나 구멍이 생긴 것은 아닌 것으로 확인됐다. 외국의 다른 선박에서도 이와 유사한 흔적이 발견되며 세월호 내 CCTV 영상에 의하더라도 충돌에 의한 흔들림은 발견되지 않았다.
▶수사결과 :'국정원 지적사항' 파일에 2013.2.26.~27. 국정원의 사전예비점검시 지적한 사항이 확인됐다. 하지만 국정원이 국가정보원법, 보안업무규정 등 관련 법령에 의거하여 세월호 보안측정을 실시한 점, 세월호 이외에 다른 대형 여객선에 대해서도 국가보호장비 지정을 위한 보안측정을 실시한 점, 국정원의 지시 사항 역시 선박의 테러·피랍 관련 내용인 점 등을 고려하면 법령에 근거한 지정 업무를 수행한 것으로 보인다.
▶수사결과 : 마스크를 착용하고 오렌지색 작업복을 입은 사람은 세월호 조기수로 확인됐다. 구속전 피의자 심문시 신고 있던 신발과 마스크를 대조한 결과 동일인임을 확인했다. 세월호의 선체가 폭발한 흔적이나 증거도 일체 없다.
의혹④> 광주지법 목포지원에서 세월호 DVR에 저장된 CCTV 영상을 재생해 검증한 결과, 재생된 세월호 CCTV 영상이 꺼진 시각과 CCTV를 제어하는 DVR 로그파일 영상을 보면 3분의 시간차가 있다. 이는 CCTV가 조작된 증거다.
▶수사결과 : 대검 DFC( 디지털포렌직 센터)분석결과 DVR이 비정상적으로 종료되면서 영상파일이 생성되지 않았거나, 생성된 영상파일이 손상되어 복구가 되지 않았을 가능성이 있는 것으로 확인되고, 달리 CCTV가 조작되었거나 고의로 종료한 정황은 발견되지 않았다.
의혹⑤> 세월호 CCTV 영상이 꺼지는 시각이 세월호 사고발생 시각인 08:48경 보다 18분 가량 빠른 점에 비춰, 누군가 사고발생 전에 고의로 CCTV 작동을 정지시켰다?
▶수사결과 : 세월호의 인천항 출항 시각은 4.15.20:42:10임에 반해, 인천항 CCTV에 표시된 인천항 출항시각은 4.15.20:59:42로 확인됐다. 결국 세월호 CCTV 영상에 표시된 시각이 실제 시각보다 18분가량 빠른 것으로 보는게 맞다.
의혹⑥> 언딘을 우선적으로 잠수시키기 위해 먼저 도착한 해군 SSU, UDT 요원 등의 투입을 막은 것은 아닌지?
▶수사결과 : 해경·해군 관계자들의 진술에 의하면, 해경은 잠수사들의 안전을 위해 일시적으로 해군 단정이 접근하지 못하도록 조치한 것이고, 해군도 자체 판단하에 안전상 이유로 접근하지 않았던 것일 뿐, 언딘을 우선적으로 잠수시키기 위한 의도가 있었다고 보기 어렵다.
▶수사결과 : 사고 당시 세월호 사고현장에 출동했던 민간잠수사 중 한 명은 언딘의 협력업체 관계자이지만 역시 투입되지 않았다. 사고 다음 날 아침까지 강조류 및 해수 선체 유입으로 인해 해경과 해군조차도 제대로 된 잠수 구조활동을 하지 못하였던 점 등에 비춰 해경이 언딘을 우선적으로 잠수시키기 위해 민간잠수사의 투입을 막았다고 보기는 어렵다.
의혹⑧> 해군의 VHF 청취록에는 있지만 해경이 제출한 VHF 교신록에는 없는 내용이 있는데 해경이 늑장 대응을 은폐하려고 고의로 교신내용을 삭제한 것이다?
▶수사결과 : VHF의 도달 거리는 통상 25~30마일이며, 목포305함의 방송 당시 진도 VTS가 305함과 80마일 이상 떨어져 있었기 때문에 진도VTS의 VHF 교신기에는 위 방송 내용이 수신되지 않은 것으로 확인됐다. 녹음파일,녹취록의 조작 흔적도 발견되지 않았다.