새정치민주연합 등 야당 의원들은 청문회가 본격 시작되기 전부터 김 후보자 측의 불성실한 자료 제출을 지적하며 강한 압박에 나섰다.
새정치연합 배재정 의원은 김 후보자 배우자의 계좌와 자녀의 주식 거래 내역 등에 대한 자료 제출을 요구하며 "무슨 검은 돈이냐. 야쿠자 자금이라도 되느냐"고 질타했다. 같은 당 안민석 의원도 "지금까지 본인이 평생 거래한 주식 내역을 오전까지 제출해라. 단 한건이라도 누락된다면 후보자를 주식 전문가로 낙인찍겠다"고 경고했다.
본격적인 질의가 시작되자 야당 의원들의 추궁은 강도를 더했다. 같은 당 박홍근 의원은 "교육시민단체가 실시한 여론조사에서 장관후보자로 적합하지 않다는 의견이 96%였다. 이미 국민의 신망을 잃었기 때문에 이제라도 책임을 통감하고 물러서는 것이 대통령과 국민에 대한 도리가 아니냐"고 따졌다.
같은 당 유은혜 의원 역시 "논문 짜깁기를 해도 이렇게는 할 수 없다. 청와대에서 제대로 검증도 거치지 않고 국회에 거짓된 인사청문요청서를 보낸 것은 아닌지 유감"이라고 지적했다.
그러나 김 후보자는 각종 의혹을 부인하며 물러서지 않았다. 김 후보자는 '연구 부정 및 불법행위 지적들이 있는데 사퇴할 의향이 없느냐'는 유 의원의 질의에 "그렇다"며 자진사퇴 의사가 없음을 분명히 했다.
김 후보자는 모두발언을 통해서도 "최근 불거진 의혹을 지켜보면서 과오에 대해 깊은 성찰의 시간을 가졌고 매우 유감으로 생각한다"면서도 "그럼에도 불구하고 논란이 된 제자 논문 가로채기, 연구비 부당 수령, 연구실적 부풀리기 등 의혹에 관한 사항은 당시의 학계의 문화나 분위기를 감안해 달라"고 밝히기도 했다.
여당 의원들은 이런 김 후보자를 적극적으로 엄호했다. 새누리당 강은희 의원은 "보통 교수들이 본인의 연구에만 몰두하는 성향이 큰데 내정자는 오히려 제자를 독려하고 토론하는 시간을 상당히 많이 가졌는데 이유가 있냐", "어떤 제자는 (후보자가) 밤 늦게까지 퇴근하지 않고 영어를 강독하고 가르쳤다고 하던데 사실이냐"고 말했다.
박대출 의원은 "후보자가 덫에 걸려있다. 야당이 '2+알파'식으로 낙마로 찍어놓고 후보자 자체가 아주 잘못된 사람, 죄를 많이 지은 사람처럼 낙인찍혀 있다"며 "오늘 야당이 호통을 치고 모독하더라도 덫에서 헤어나오는 건 후보자의 몫"이라고 주문하기도 했다.
이에 대해 새정치연합 유기홍 의원은 "자료 제출을 안 하고 답변 못하는 데 대해 의원들이 질타할 수 있다"고 반박하며 "김 후보자 본인이 자기 문제를 해명해야 되는데 여당이 해답을 가져오면 예, 아니오 답변하는 수준으로 청문회가 진행되고 있다. 후보자를 검증하는 청문 취지에 어긋난다"고 지적했다.