문창극 후보는 지난 2010년 1월 19일자 중앙일보에 '욕망의 땅'이라는 제목의 칼럼에서 "세종시는 정치인들이 저지른 거대한 장난이었"다며 "나라의 미래는 어디로 가든 관계없이 권력을 잡아 보겠다는 욕망만이 가득했고 여기에 충청도 사람들의 욕망이 가세했다"고 폄하했다.
또 "왜 멀쩡히 잘 있는 수도를 옮겨야 하며, 왜 행정부처를 찢어 옮겨야 하는가"라면서
"세종시법에는 언제 도시를 완성하라는 조항은 없는 만큼 가장 기초적인 공사만 마무리하고, 정치가 합의를 볼 때까지 기다리면 그 사이 옥토에는 잡초가 우거질 것이고 그 잡초 더미에서 우리 정치수준을 확인할 수 있을 것"이라고 조롱했다.
이에대해 세종참여자치시민연대는 "세종시건설에 대해 온갖 비난과 독설로 여론을 호도했던 인물이 정부세종청사의 수장인 총리가 된다는 것은 어불성설"이라며 "문후보자의 지명은 철회돼야 한다"고 주장했다.