새정치민주연합은 국정조사와 관련해 "김기춘 청와대 비서실장, 남재준 전 국정원장, 김장수 전 안보실장의 증인채택은 양보할 수 없는 마지노선"이라는 입장을 밝혔다.
윤 사무총장은 이에 대해 "야당의 주장은 추측에 근거하고 있다. 결국 박근혜정부를 정치적으로 공격하기 위한 '정치적 표적' 세우기 아닌가"라며 "추측을 사실인 양 호도해 정치적 타깃을 만들어 공격하는 것은 적절치 못하다"고 비난했다.
그는 김 실장 사퇴 요구에 대해서도 "남재준 전 국정원장과 김장수 전 국가안보실장이 사퇴했는데, 김기춘 실장의 경질까지 요구하는 것은 지나치다"고 일축했다.
윤 사무총장은 야당이 세월호 참사를 선거에 악용하고 있다는 주장도 했다.
그는 "야당이 세월호 참사를 이번 선거의 지지표 모으기에 이용하는 것은 그 계산법이 어떻든 국가를 위해, 정치 소임을 위해서도 바람직한 방향은 아니다"라며 "내 바구니에 표를 모으려는 속좁은 정치로는 나랏일을 말할 수 없다"고 말했다.
아울러 "새누리당은 반성과 참회의 기조 위에, 표를 구하기 전에 용서를 구하는 선거를 하고 있다"며 "호된 회초리를 주시되 꼭 투표를 해서 국가를 개조하고 공직사회를 혁신할 수 있게 도와달라"고 지지를 호소했다.