검경합동 수사본부는 세월호 수사가 시작되면서 선원의 자질과 선박의 구조상의 문제점에 가장 우선순위를 두고 수사를 벌여 세월호 선장과 선원등 15명을 모두 구속하고 선박직 수사를 사실상 마무리했다.
합수부는 선원들을 수사하면서 동시에 세월호의 적재와 증축·개조와 정비 등과 관련해서도 관계자들을 참고인 자격으로 불러 수사를 병행해 왔다.
합수부는 부산에 있는 선박 안전검사 기관인 한국선급 본부와 목포지부(안전 검사 관련), 한국해양안전설비(구호 장비 관련), 선박 설계사무소(선박 구조 변경 관련) 등에
대한 압수수색을 벌였으며 몇 가지 혐의점을 확보한 것으로 알려지고 있다.
이에따라 지금까지 참고인으로 조사를 받아온 관계자들 가운데 일부는 '피의자'로 신분이 바뀌어 조사를 받고 입건될 가능성이 높다.
합수부는 또 세월호의 운항이나 관리에 조금이라도 관여한 모든 기관과 업체, 담당자들을 대상으로 수사범위를 확대해 이번 기회에 선박관련 불법과 부조리를 뿌리뽑겠다는
의지를 보이고 있다.
합수부는 선박의 운항·관리외에도 선박의 관리·감독을 맡은 행정기관 공무원들에 대해서도 수사를 확대할 방침이다.