해군 3함대사령부는 이날 오전 9시3분 전남도청으로부터 여객선 사고 소식을 처음 전달받고 유도탄 고속함(PKG)을 사고 현장으로 즉각 출동시켰다.
유도탄 고속함 '한문식함'(450t)은 오전 9시9분 목포 해군기지를 출항, 오전 10시10분 해군 함정으로는 처음으로 사고 현장에 도착했다.
합참도 오전 9시15분 해군으로부터 상황을 보고받은 다음 신원식 작전본부장(중장)을 책임자로 탐색구조본부를 가동했다.
이어 국방부는 오전 9시35분 재난대책본부를 가동했고, 김관진 국방장관은 낮 12시46분 합참 청사 지하의 지휘통제실을 방문해 구조지원 상황을 보고받고 "가용 전력을 충분히 지원할 것"을 지시했다.
사고 현장에 처음 도착한 한문식함은 바다로 뛰어내린 승객들이 탈 수 있는 구명정을 바다로 투하했다. 이어 도착한 참수리 고속정은 '구명환'(구명튜브)을 승객들을 향해 던졌다.
특히 승조원들은 입고 있던 구명조끼를 벗어 바다로 뛰어든 일부 승객들을 향해 던지기도 했다고 해군은 전했다.
잠수함 탐색용 링스헬기가 오전 9시39분 진해에서 이륙해 오전 10시1분 현장에 도착해 바다에 뛰어든 승객들을 탐색하는 임무를 수여했다.
군은 처음 도착한 해군 함정들이 침몰하는 여객선 가까이 접근해 구조활동을 하지 않은 것에 대한 지적이 나오자 "군함은 스크루가 커서 자칫 바다로 뛰어든 승객들에게 위험이 될 수도 있다"고 해명했다.
군의 한 관계자는 "당시 구조현장은 해경 함정이 지휘통제를 했다"면서 "해군 대형 함정들은 외곽에서 엔진을 정지한 채 보호막을 형성하고 빠른 해류에 떠내려온 승객들을 구조하는 임무에 집중했다"고 전했다.
또 오전 11시6분께 해군은 서해안에서 임무를 수행 중이던 미 해군 상륙강습함 '본험리처드호'(4만t급)에 지원을 요청했다.
당시 사고 해상에서 북서쪽 155㎞ 서해상에서 순찰 임무를 수행하던 본험리처드호는 즉각 출동을 결정했고 이날 밤 10시께 현장에 도착할 예정이다.
일명 '헬기 항모'로 불리는 본험리처드호는 독수리훈련에 참가하기 위한 미 해병대 병력을 실어나를 MV-22 오스프리 수직이착륙기를 태우고 우리나라를 방문했다.