교육부의 자율형 사립고와 공립고에 대한 평가는 초중등교육법에 따라 5년마다 실시하는 것으로 2010년 3월 지정된 자사고 25개교와 자공고 21개교 등 모두 46개 고등학교가 대상이다.
평가일정은 3~4월중에 계획을 마련해 평가계획이 학교에 통보되고 5~6월 중에 평가를 실시해서 8~9월중 지정취소 또는 지정기간 연장 여부를 확정하게 된다.
평가 방식은 다양한 교육과정 편성ㆍ운영여부, 학생들의 소질과 적성을 개발 등 당초 지정목표에 타당하게 운영하는지를 평가한다. 선행교육을 실시하는 등 입시위주로 운영할 경우에는 지정을 취소할 수 있다.