민주노총은 "지난 10월 29일 자유청년연합 등 보수단체가 전공노를 고발한 이후 채 10일이 지나지 않아 검찰이 전공노 서버에 대해 3차례나 압수수색했다"며 "전공노에 대한 정권 차원의 와해 의도가 아닌지 의구심을 지울 수 없다"고 주장했다.
또 "선관위에 공식적으로 문의해 진행한 정책협약을 불법선거로 몰고 있다"며 "일체의 조직적 대선개입을 한 적이 없는데도 검찰은 자유게시판에 개인이 쓴 글을 핑계로 억지, 왜곡, 표적 수사를 하고 있다"고 비판했다.
민주노총은 특히 "이는 박근혜 정권과 검찰의 전공노 탄압은 국정원과 군 사이버사령부, 국가보훈처 등이 자행한 불법 관권선거가 실체로 드러나자 이를 물타기하려는 정치공작"이라고 규정했다.
이어 "전공노와 전교조에 대한 탄압을 자행하는 박근혜 정부와 정치검찰이 계속 민주주의와 노동기본권을 짓밟는다면 전면적인 투쟁에 나설 것"이라고 경고했다.