재단은 성명을 통해 "짜맞추기 표적수사로 일관한 정치검찰의 예고된 결론이었다"면서 "검찰은 남북정상회담 회의록이 정부여당에 의해 지난 대선과정에서 불법 유출돼 정략적으로 왜곡·전파됐다는 점은 외면하고 고인이 된 노무현 대통령까지 거론하며 도리어 참여정부에서 회의록을 고의로 은폐·폐기했다고 주장하고 있다"고 밝혔다.
재단은 "그러나 분명히 확인된 것은 노무현 대통령이 남북정상회담 회의록을 정확하고 상세하게 역사에 남기고자 최선을 다했다는 사실"이라며 "이는 정치검찰이 의도하지 않았겠으나, 검찰 스스로 발표한 수사결과 자료에 고스란히 담겨있다"고 지적했다.
근거로는 '녹취록을 한 자, 한 자 정확하게 다듬고 정확성, 완성도가 높은 대화록으로 정리하여 이지원에 올려두라'는 노 전 대통령의 지시가 수사결과 발표자료 18쪽에 적시돼있는 점을 들었다.
재단은 "실무진의 착오로 최종본 문서가 대통령기록관에 이관되지 않았을 뿐인데도 검찰은 '노 대통령이 이지원에 있는 회의록 파일을 삭제하고 청와대에 남겨두지 말라'고 했다는, 당사자에 의해 부인된 진술을 앞세워 사실관계를 왜곡했다"고 비판했다.
또 '회의록 초본과 최종본, 국정원 유출본 모두 일부 호칭·명칭·말투 등을 제외하고는 모두 회담의 본질적인 내용에는 큰 차이가 없다'는 수사결과 발표자료 14쪽 내용도 "무리한 짜맞추기 수사를 자인한 것"이라고 해석했다.
재단은 "검찰은 노 대통령 지시에 따라 고의적이고 조직적으로 회의록 삭제·은폐가 이루어진 것처럼 수사결과를 짜깁기하고 있는데 어불성설"이라며 "본질적인 차이가 없는데 참여정부에서 무엇을 은폐하겠다고 고의적이고 조직적으로 회의록을 이관하지 않았다는 말인가"라고 질타했다.
검찰 수사대로라면, 노 대통령이 30년 동안 본인만 볼 수 있음에도 대통령기록관에 이관하지 말 것을 지시하면서 이명박정부가 열람할 수 있도록 국정원에 관리시켰다는 것은 상식적으로 이해되지 않는다는 지적도 이어졌다.
이어 "현 집권세력은 825만 여건에 이르는 유례없이 방대한 대통령기록물을 이관한 노 대통령을 '사초 폐기' 운운하며 매도하는 패륜을 저질렀다"며 "우리는 앞으로 그 부당함을 낱낱이 밝혀나갈 것"이라고 밝혔다.