국가정보원에 보관된 회의록은 수정본을 토대로 생산된 것으로 밝혀졌다.
검찰은 초본에는 정상회담 당시 실제 사용된 말투 등이 생생하게 담겨있고 수정본에는 초본에 빠졌던 부분이 녹음파일 재생 등을 통해 덧붙여진 반면 말투 등은 실제와 다르게 변경돼, 두개의 회의록 모두 사료로서의 가치가 있다고 판단했다.
회의록 초본에 노 전 대통령이 "위원장님하고 저하고 관계에서..."라고 말했다고 적힌 부분은 수정본에서 "위원장하고 나하고 관계에서..."라고 수정됐다. 김 전 위원장이 "저의 견해는"으로 표현한 부분은 "나의 견해는"으로 바뀌었다.
'NLL포기' 발언 관련 부분 대화에서 일부 발언이 수정되기도 했다.
노 전 대통령의 경우 삭제본에서 "내가 임기 동안에 NLL문제를 다 해결하게..."라고 말한 것으로 돼 있지만 국정원 녹음내용을 확인한 뒤 수정본에서 "내가 임기동안에 NLL문제는 다 치유가 됩니다"로 말한 것으로 바뀌었다.
김 위원장이 반말투로 말한 부분이 존댓말로 수정됐고, 노 전 대통령이 상대를 높여 표현한 부분은 일부 다듬어지기도 했다.
노 전 대통령이 "내가 이것저것 여쭤보고 싶은 것도 많으니까요"라고 기록된 문장은 수정본에서 "내가 이것저것 질문하고 싶은 것도 많으니까요"로 바뀌었다.
초본에 누락된 부분이 수정본에서 더해지기도 했다. 또 발언자나 단어가 잘못 기재된 부분도 수정됐다.
초본에는 노 전 대통령이 "서해바다로 해서 해저로 땡겨오는 그림을 그리고 있다"고 말한 것으로 적힌 부분이 수정본에는 "서해바다로 해서 해저로 땡겨오는 그림을 그리고 있는데, 북측을 통과하면 훨씬 빠른 시일안에 할 수 있는 가능성이 있습니다"로 추가됐다.