전교조는 1989년 5월 28일 참교육 실현과 사립학교 민주화라는 기치 아래 전신(前身)인 '민주교육추진 전국교사협의회' 소속 교사들을 주축으로 창립됐다.
당시 정부는 교사가 노조를 결성하는 것은 불법이라고 보고 전교조를 합법노조로 인정하지 않았고, 이로 인해 전교조 소속 교사 1천527명이 파면·해임되는 어려움을 겪었다.
전교조의 세력이 점점 커지자 김영삼 정부는 합법화 대신 '조건부 복직방침'을 제시했다. 이에 전교조 해직교원들은 "학교로 돌아가 교육개혁을 실천하고 전교조 합법화를 앞당기기 위해 복직하겠다"며 1994년 3월 교단으로 돌아갔다.
임의단체로 활동해 온 전교조가 합법화된 것은 창립 10년 만인 1999년 7월 1일 김대중 정부 때다. 교원노조법이 1999년 1월 6일 국회를 통과함에 따라 전교조는 같은 해 7월 1일 조합원 6만2천654명으로 노동부에 설립신고서를 제출, 합법노조로 공식 인정받았다.
그러나 2010년 전교조는 해직자 가입 문제로 합법노조로서의 지위 유지에 제동이 걸렸다.
그해 3월 고용노동부가 해직자를 조합원으로 인정하는 규약(부칙 제5조)을 개정하라고 시정명령을 내리자 전교조가 반발하며 갈등을 빚기 시작한 것이다.
고용부는 2012년 9월 전교조에 두 번째 시정명령을 했고 지난 5월과 6월 전교조 면담에서도 규약 개정을 촉구했지만, 전교조는 기존 방침을 고수했다.
결국, 고용부는 지난달 23일 전교조가 한 달 안에 규약을 시정하지 않으면 법외노조가 된다는 최후통첩을 내렸고, 전교조는 지난 16∼18일 조합원 총투표에서 정부의 시정명령을 거부하기로 했다.
이에 따라 마감시한이 끝난 24일 고용부가 전교조에 '노조 아님' 통보를 내림으로써 전교조는 합법화된 지 14년 만에 다시 법외노조로 돌아가게 됐다.
전교조는 정부 결정에 반발해 통보 직후 서울행정법원에 법외노조 통보처분 취소소송과 법외노조 통보처분 집행중지신청을 제기했다.