이 재임시기의 진위 여부가 국정원 댓글 사건과 국방부 사이버사령부의 댓글 의혹 사건 간 핵심 연계고리의 가늠자로 작용한다는 점에서, 이러한 엇갈린 진술은 의혹을 더욱 키우고 있다.
국방부 관계자는 22일 "이종명 국정원 전 3차장과 사이버사 1처장, 530단장에 대한 의혹 제기가 있는데, 이들 3명이 합참 민군심리전부에 같이 근무한 사실이 없다"며 "이종명 국정원 전 3차장은 민군심리전부장으로 '2011년 2월 22일부터' 4월 5일까지 근무해, 사이버사 1처장과 현 530단장은 이종명 전 3차장과 같은 시기에 근무한 적이 없다"고 밝혔다.
그러나 국회 국방위원회의 합참에 대한 국감에서, 이종명 전 3차장의 민군심리전부장으로 실제 재임기간은 국방부 발표와는 다른 것으로 확인되었다.
진성준 민주당 의원은 "확인한 결과 이 전 차장이 민군심리전부장에 임명된 날짜가 (국방부가 발표한 2011년 2월 22일이 아니라, 이 보다 50여일 앞선) 2011년 1월 1일자로 임명돼 4월 5일까지 근무했다"며 "사이버사 1처장은 민군심리전부에 2011년 1월 24일까지 근무했으므로, 두 사람이 같이 근무한 사실이 없다고 한 국방부의 발표는 허위"라고 지적했다.
이에 대해 국방부 관계자는 "공식 인사기록부 상에는 이 전 차장의 민군심리전단부장 부임일이 '2011년 2월 22일'로 나와 있어, 이들이 같이 근무한 적이 없다고 발표한 것"이라고 해명했다. 이 관계자는 "발령일이 그렇다 하더라도 업무 인수인계상 미리 발령지에 가서 근무하는 관행에 비춰볼 때, 이종명 전 3차장도 발령일에 앞서 민군심리전부 업무를 미리 가서 챙겼을 가능성이 있다"고 덧붙였다.
이러한 정황에 비춰볼 때, 국정원 댓글 사건과 사이버사령부 댓글 의혹 사건의 연계 의심을 차단하기 위해 국방부가 공식 인사기록부를 적극 활용하려 했다는 의도가 엿보인다.