서울 고검과 서울중앙지검에 대한 국회 법사위의 국정감사에서 윤 지청장은 "지난 5월 말부터 6월중순 사이 국정원 댓글 사건에 대해 공직선거법 위반죄를 적용하려 했으나 법무부가 2주 이상 결정을 지체하는 바람에 설득하는데 시간이 걸려 수사팀이 앞으로 나가지 못했다"고 설명했다.
윤 지청장은 "수사결과 죄가 되는지 안되는지는 검찰에서 결정하고 법무부는 정책부서인데도 2주간 이상 지연시키는 것을 보면서 수사가 어렵다는 생각을 했다"고 증언했다.
윤 지청장은 또 국정원 직원의 체포영장 및 압수수색 영장 집행과정에서도 "(조영곤) 서울중앙지검장을 모시고 국정원 사건을 더 끌고 나가기 어렵다고 판단했다"고 밝혔다.
윤 지청장은 "국정원 직원을 체포하기 전에 조영곤 서울중앙지검장에게 충분히 보고를 했으나 조 검사장은 '야당 도와줄 일 있냐, 정 하려고 하면 네가 사표를 내라, 우리 국정원 사건 수사의 순수성이 얼마나 의심받겠냐'고 이런 말을 했다"고 증언했다.
윤 지청장은 "지검장이 그런 말씀을 하시길래 더이상 검사장님 모시고 이 사건을 계속 끌고나가기는 불가능한 것으로 생각했고 감내하기도 어렵다고 생각했다"고 덧붙였다.
윤 지청장은 또 "국정원 직원의 체포는 당사자가 국정원 소속인지 정확히 파악할 수 없는 상태였기 때문에 신속한 체포가 필요했다"며 "(그에 대한 보고는 ) 검사장님 댁에 가서 보고했으며, 낮에는 여주지청에서 근무하기 때문에 밤에 자택으로 방문할 수밖에 없었다"고 말했다.
이와함께 윤 지청장은 "국정원 직원 체포가 불법이라고 하는데, 국정원은 댓글과 사이버 개입 그리고 대선에 개입한 사실이 없다고 주장하고 있고, 국정원 직원이 사용하는 트윗계정에 대해서도 (국정원이) 자기네 직원 것이 아니라 하기 때문에 체포해서 조사하는 방법외에는 다른 방법이 없었다"고 밝혔다.
이와 관련 국정원은 검찰 조사에서 변호인을 파견해 체포된 직원들에 대해 국정원장의 진술불허 지시를 지속적으로 지시한 것으로 확인됐다.
윤석열 지청장은 "변호인들이 입회해서 계속 원장의 진술불허 지시를 반복해서 주입 시키면서, 이렇게 진술하면 고발될 수 있고 즉각 신병을 석방하고 압수물을 돌려달라고 반복적으로 요구했다"고 말했다.
댓글 삭제 건수와 관련, 윤 지청장은 국정원 직원들이 작성한 댓글 상당수가 삭제됐다며 "몇개의 계정이 삭제됐는지도 알 수가 없다"고 증언했다.
윤 지청장은 21일 국회 법제사법위원회의 서울지방고등검찰청 국정감사에 증인으로 나와 국정원의 댓글 공작이 몇건이나 되느냐고 묻는 민주당 신경민 의원의 질문에 "상당한 규모로 이뤄졌다고 보고 있다"고 답했다.