노무현재단은 홈페이지에 올린 입장문에서 검찰수사결과 발표를 “한마디로 요약하면, 남북정상회담 대화록을 발견했다는 것”이라고 해석했다.
이어 “그동안 일각에서 대화록을 은폐하고 사초가 실종됐다는 식의 비판이 있었으나 명백히 존재한다는 것이 입증됐다”며 “또한 노무현 대통령의 지시로 다음 정부가 정상회담 후속 논의에 참고할 수 있도록 국정원에도 남북정상회담 대화록 최종본이 전달됐다는 사실이 검찰의 발표를 통해 밝혀졌다”고 했다.
그러면서도 “지난 2008년 당시 검찰이 청와대 이지원을 복사한 봉하 이지원에는 대통령기록관에 이관하지 않은 기록물은 없다고 밝힌 바 있다”면서 “지금의 검찰 발표와 모순된다”고 설명했다.
국가기록원 대통령기록관에는 없는 대화록이 봉하 사저로 복사해갔던 이지원에만 남아있는 것에 대한 경위에 관심이 쏠리고 있는 가운데 검찰 수사의 모순을 지적하고 나선 것이다.
노무현재단은 “이지원에는 남아있는 대화록이 대통령기록관에는 왜 존재하지 않는지 그 이유를 지금부터 확인하고 규명하면 될 일”이라며 직접적인 해명이나 설명은 내놓지 않았다.
또, “참여정부 관계자들의 수사 협조를 통해 사실관계가 충분히 밝혀진 이후에 발표해도 될 사안을 검찰이 굳이 서둘러 발표한 것은 납득하기 어렵다”면서 “검찰은 정치적 접근이 아니라 참여정부 관계자들과 함께 의문으로 남아있는 사안에 대한 실체적 진실을 규명하는 데 나서야 할 것”이라고 말했다.