사건을 맡은 서울중앙지검 공안2부(김광수 부장검사) 관계자는 "이관용 외장하드, 팜스(대통령기록물관리시스템), 이지원(참여정부시절 청와대 문서관리 시스템) 소스코드 및 데이터 저장매체 나스, 서고에 대한 정밀 검색 마쳤다"며 "참여정부 시절 755만건의 이관된 기록물 중에는 회의록이 없다"고 말했다.
그는 이어 "거기(국가기록원)에서 빠져나간 흔적도 없다"며 대통령기록관으로 대화록이 이관되지 않았다고 전했다.
검찰은 마지막으로 살피고 있는 봉하마을 이지원에서 대화록이 삭제된 흔적을 발견해 복구하고, 삭제되지 않은 별도의 대화록을 발견했다고 밝혔다.
검찰 관계자는 "참여정부 당시 회의록이 이관 대상으로 분류되지 않았다"며 "대통령 기록관으로 이관되지 않은 채 봉하 이지원에 탑재된 경위에 대해 조사 중"이라고 말했다.