7년 만에 새로운 시리즈로 돌아온 공각기동대 보더는 공안 9과가 결성되기 전 에피소드를 담은 것으로 4부작 중 첫 번째 이야기다.
제4차 비핵대전 1년 뒤인 2027년 뉴포트시티, 전쟁의 상처가 채 아물기도 전 원인불명의 연쇄 살인사건이 발생한다.
쿠사나기는 자신의 상관이 죽기 전 남긴 메시지를 듣고 그의 죽음이 단순 살인사건이 아님을 직감한다.
그러던 중 쿠사나기는 연쇄 살인사건의 용의자로 지목돼 쫓기는 신세가 되고, 바트 일행과 운명적으로 만나 사건의 실마리를 추적하기 시작한다.
예고편에서는 쿠사나기를 비롯해 공각기동대 인물들이 젊은 시절 모습으로 등장하며 더욱 업그레이드 된 액션과 스케일도 엿볼 수 있다.