참여연대는 "황교안 법무부장관이 감찰 지시를 내린 지 1시간만에 채 총장이 사의를 밝혔다"며 "공개적으로 감찰을 지시할 사안이 아니었는데도 전격 감찰 지시를 내린 것은 국정원 관련 검찰 수사가 청와대 입맛에 맞지 않았기 때문"이라고 비판했다.
"검찰이 원세훈 전 국정원장 등을 선거법 위반 혐의로 기소하는 등 국정원의 대선개입 사건을 수사하고 있었기 때문"이라는 것이다.
이어 "혼외자식 의혹 보도 배경에도 집권 세력이 있다고 의혹을 제기할 수밖에 없다"며 "채 총장 흔들기는 '곧 검찰 흔들기'"라고 외압에 의한 사퇴임을 명백히 했다.
경제정의실천시민연합도 "채 총장에 대한 의혹이 규명되지 않은 상태에서 감찰 지시가 일종의 압박으로 작용한 것"이라며 "특히 국정원 관련 수사가 진행 중인 상황에서 검찰총장이 물러나면 앞으로 국민이 원하는 실체적 진실 규명이 제대로 될지 걱정"이라고 밝혔다.
국정원 선거 개입 기독교 공동대책위원회는 "전형적으로 정부 외압이 들어갔을 것"이라며 "새로운 검찰총장도 청와대에서 임명할텐데 결국 이번 감찰 지시는 정권 입맛에 맞는 검찰 수사를 해나가겠다는 의지의 표명이 아니겠느냐"고 반문했다.
투명사회를 위한 정보공개센터는 "아직 의혹 단계라 단정적으로 판단할 수는 없다"면서도 "국정원 관련 미운털이 박혀 있었던 것은 모든 국민이 알기 때문에 사퇴 배경을 의심하지 않을 수 없는 것"이라고 설명했다.
또 "아무리 공직자라고 해도 개인의 사생활이 감찰 대상이 되는 것은 부적절해 보일뿐더러, 연일 보도가 이어지면서 사건 중심에 놓였던 아이의 인권이 전혀 존중되지 않는 듯했다"고 유감을 표시했다.