박 교수는 "감사원이 2011년에도 4대강 문제를 충분히 밝힐 수 있었는데, 그때는 불가능했겠나"라고 반문하고 "감사원이 1차 감사는 잘못됐다고 고백하는게 옳다"며 감사원을 비판했다.
또한 "국토부의 자료 은폐 의혹뿐만 아니라 수자원공사의 자료 은폐와 폐기가 진행되고 있다는 정보가 있다"고 말하고 "총리실 산하 4대강 조사위에 찬성측 인사가 온다면 말싸움만 하게 될 것이므로 독자적 권한을 갖는 조사위원회를 만들어 진상을 밝혀야 한다"고 강조했다.
박창근 교수는 "4대강 공사로 훈포장을 받은 일부 공무원과 전문가 중 페이스북에 훈장 받은 것을 올려놓으며 자랑한 인사도 있다"고 지적하고 "4대강 살리기가 대국민 사기극이었다면 허위 공적 조서로 훈포장 받은 이들의 서훈을 취소해야 한다"며 일침을 놓았다.
박 교수는 부실 의혹과 함께 녹조의 심각성이 제기되고 있는 4대강 수문 보와 관련해 "섣불리 결론을 내리기보다는 차분하게 조사위를 구성해 논의하고 지혜를 모아야 한다"며 신중한 접근을 주문했다.