이 회장에 대해서는 특정범죄가중처벌법상 조세포탈과 특정경제범죄가중처벌법상 횡령, 배임 혐의가 적용됐다.
검찰은 "혐의가 중대하다고 판단했다"며 영장 청구 이유를 밝혔다.
전날 검찰은 이 회장을 피의자 신분으로 소환해 17시간 가까이 강도 높은 조사를 벌인 뒤 이날 새벽 이 회장을 돌려보냈다.
검찰은 이 회장의 비자금 조성과 탈세, 횡령, 등의 혐의 가운데 비자금 조성과 일부 탈세에 대해서만 혐의를 인정한 진술을 확보한 것으로 알려졌다.
이 회장은 수천억원대의 비자금 조성을 지시하고 비자금 운영과정에서 양도소득세 등 510억 원의 세금을 탈루한 혐의를 일부 인정한 것으로 전해졌다.
그러나 계열사인 CJ제일제당의 회삿돈 600억원 빼돌려 개인적으로 사용하고, 일본 도쿄의 빌딩 2채를 차명으로 구입하는 과정에서 회사에 350억원의 손해를 끼친 혐의 등에 대해선 직접 지시하지 않았고 개인적으로 사용하지 않았다는 취지로 진술한 것으로 알려졌다.
해외 차명 계좌를 이용한 주가조작 의혹에 대해서도 고의성이 없었다며 혐의를 부인한 것으로 알려졌다.
하지만 검찰은 CJ그룹 본사와 이 회장의 자택 등에 대한 압수수색 과정에서 확보한 증거자료와 그룹 관계자 등 참고인 진술 등을 바탕으로 이 회장의 혐의를 입증하는데 자신감을 보이고 있다.
검찰은 영장이 발부돼 이 회장의 신병을 확보하는 대로 국외재산도피 등 다른 혐의에 대해서도 확인한다는 방침이다.
한편, 검찰은 비자금 조성과 관리에 핵심적인 역할을 한 CJ글로벌홀딩스의 신모 부사장에 대해서는 구속만기가 다가옴에 따라 이르면 이날 오후 구속기소할 예정이다.