검찰은 정치 관여를 금지한 국정원법은 물론 공무원의 선거 개입을 금지한 공직선거법을 위반한 혐의를 적용해 원 전 원장에 대해 구속영장을 청구하기로 방침을 정하고 최근 법무부에 통보한 것으로 알려졌다.
국정원 직원을 동원해 4대강 사업, 제주해군기지 등 사회적으로 민감한 정부 정책에 대한 홍보 등 정치 개입은 물론 대선을 앞두고 특정 후보를 지지·비방하는 글을 조직적으로 올려 선거에 영향을 주려고 했다는 게 검찰의 판단이다.
하지만 황교안 법무장관이 선거법 위반 혐의를 적용하려는 검찰의 입장에 반대하면서 검찰과 갈등이 커지고 있다.
법무부는 황 장관이 아직 수사 지휘권을 행사하지는 않았으며 검찰과 의견을 조율하고 있다고 밝혔다.
황 장관이 선거법 위반 혐의를 제외시키려고 하는 것은 대선의 정당성 문제가 불거져 현 정권에 부담을 줄수 있다고 판단했기 때문이라는 분석이 나오고 있다.
검찰 수사가 선거개입으로 결론이 나오면 민주당 등 야권의 반발은 물론 거센 ''선거 무효'' 여론을 촉발시킬 수 있다.
일각에서는 둘 간의 마찰이 국정원과 상대적으로 업무 협조를 많이 해온 ''공안통''인 황 장관과 ''특수통''인 채동욱 총장과의 시각 차이에서 비롯됐다는 의견도 있다.
채 총장이 애초 이번 사건의 실무를 총괄하는 팀장 자리에 특별수사에서 잔뼈가 굵은 윤석열 여주지청장을 임명한 것도 공안통의 보수적인 판단에서 벗어나려는 의도였다는 얘기도 있다.
채 총장은 갈등설에 대해 "법과 원칙에 따라 수사를 진행중에 있다"며 "자세한 내용을 말할 수 없음을 양해해달라"고 밝혔다. 이를 두고 사실상 황교안 법무장관과의 충돌을 간접적으로 시인한 것이라는 해석이 나온다.