감사 결과, 방위사업청 등은 미국 정부의 FMS 사업 제도개선 사항을 활용하지 않아 과다한 FMS 예치금을 축소하지 못해 추가 운용수익금을 얻을 기회를 잃은 것으로 지적되었다. FMS 대금을 미국 정부 지정 상업 은행에도 예치활 수 있도록 제도개선했는데도 계속 미국 연방준비은행에 예치해 미국 정부 지정 상업은행에 분산 예치한 경우에 비해 최근 5년간 1,450만달러 운용수익을 얻을 기회를 잃은 것으로 드러났다.
또, 물품이 납품되지 아니하였는데도 전년도 이월예산의 불용 방지 등을 사유로 FMS 대금을 선지급하거나 미국 정부의 청구액보다 과다 선지급하는 등 외화예산을 비효율적으로 관리하고 있는 것으로 지적되었다. 2006년 이후 14개 사업 총 5,466만 달러가 예산 불용 방지 등의 사유로 지급된 것으로 나타났다.
FMS 담당 인력의 전문성도 미흡한 것으로 지적되었다. 2008년 이후 FMS 담당 인력 29명 중 보직자격 기준에 미달하는 직원이 15명이고, 근무연수가 2년 미만인 직원도 24명이 달했다.
감사원은 방위사업청장 등 관계기관장에게 FMS 예치금 운용수익 확대 등을 위하여 FMS 자금관리 방법을 개선하도록 조치를 요구했다. 아울러, FMS 담당 인력의 전문성을 높이도록 조치할 것을 요구했다.